連花清瘟對流感有很好的防治作用，這與其組方選擇三朝治疫名方，“衛氣同治，表里雙解，先證用藥，截斷病勢，整體調節，多靶點治療”具有很大關系。
連花清瘟組方匯聚三朝治“疫”名方
連花清瘟是運用中醫絡病理論探討外感溫病及瘟疫傳變的規律及治療，提出“積極干預”治療對策，制定“清瘟解毒，宣肺泄熱”治法，研制出的一個復方中藥。其組方融匯了三朝名醫治療疫證的用藥精華，中藥連花清瘟吸取歷代醫家治療外感溫病及疫證的用藥精華，以《傷寒論》麻杏石甘湯清瀉肺熱、《溫病條辨》銀翹散疏散外邪、明代吳又可《溫疫論》治疫證用大黃經驗通腑泄熱；創新性的加入紅景天清肺化瘀，調節免疫，體現積極干預的組方特色。現代藥理研究發現，連花清瘟具有良好的退熱、止咳、抗炎、抗病毒作用。辛涼宣肺與泄熱，可以解決患者的發熱問題；清肺止咳平喘，可以改善患者的咳嗽不止，呼吸困難；抗炎抗病毒作用可以抑制病毒的復制，抑制系統性炎癥反應。所以連花清瘟對流感能起到很好的防治作用。
流感患者往往會出現發熱、咳嗽、痰黏不能咳出、咽痛、乏力、肌肉酸痛等這樣一個癥候群，這都是病毒在人體內繁殖造成的，尤其侵害呼吸道。毒邪進入了人體怎么讓它盡快排出呢？中藥連花清瘟在治感冒、抗流感方面有這樣的特點，可以全面清除患者體內毒素。首先，該藥可通過發汗、清肺泄熱、下排毒火三個途徑讓體內蓄積的內火及毒素從人體排出，達到根治目的。用藥也正是這種布局，薄荷、麻黃微微發汗以發散外邪，讓外邪從汗而出；貫眾、板藍根、銀花、連翹、石膏等清肺泄熱，體內毒火肅清了，全身不適的內在基礎就消失了；大黃下排毒火，讓體內蘊積的火熱、毒素隨大便下排而出。連花清瘟另一個特點是應用了紅景天。紅景天生長在高寒、高海拔地區，可以提高人體抗疲勞、耐缺氧能力，具有增強免疫作用，可以提高抗病康復能力。
抗甲流發揮重大作用，榮獲國家科技大獎
連花清瘟上市后，沒有停止深入研究的步伐。研究證實，連花清瘟對甲型H1N1、H3N2、H5N1、H7N9、H9N2，乙型流感病毒、冠狀病毒、呼吸道合胞病毒、手足口病病毒EV71、鼻病毒、皰疹病毒、柯薩奇病毒、MERS等均具有抑制作用。
2009年甲型H1N1流感大流行，開展了“連花清瘟膠囊治療甲型H1N1流行性感冒”的循證醫學研究，研究結果顯示連花清瘟在降低甲流患者疾病嚴重程度方面具有顯著效果，連花清瘟組可顯著縮短甲流患者發熱、咳嗽、肌肉酸痛、乏力、頭痛等流感癥狀持續時間。CCTV新聞聯播曾對該研究進行專題報道“中藥抗甲型H1N1流感取得重大突破”。
正因為在2009年甲流這一重大公共衛生事件中發揮的重大作用，連花清瘟榮獲2011年度國家科技進步二等獎，這是其他藥物所不具備的重大科技創新成果。
從甲型流感、乙型流感、禽流感到新型冠狀病毒感染，在這十幾年我國發生的病毒傳染性重大公共衛生事件中，連花清瘟都獲得了治療方案的推薦，成為治感冒、防流感、治療新冠病毒感染的代表性中成藥。
